Die Ursprünge des Botanischen Gartens der Universität Leipzig gehen – ähnlich wie die der Gärten in Pisa, Padua, Florenz und Bologna – zurück bis in die Mitte des 16. Jahrhunderts.
Im Jahre 1542 wurde der expandierenden Universität Leipzig durch Herzog Moritz von Sachsen das Dominikanerkloster St. Pauli „nebst darbeyliegenden Gärten“ zur Nutzung überschrieben. Damit konnte der schon lange gehegte Wunsch der Medizinischen Fakultät auf Einrichtung eines eigenen Heilpflanzengartens – eines Hortus Medicus – realisiert werden. Spätestens mit der heute noch nachweisbaren Ernennung des ersten Gartenpräfekten Moritz Steinmetz im Jahre 1580 ist der Botanische Garten der Universität Leipzig der älteste seiner Art in Deutschland. Während der folgenden vier Jahrhunderte musste der Garten allerdings mehrfach verlagert werden.