Die Gründung des Zentrums für Magnetische Resonanz der Universität ist  von Professor Dr. Dieter Michel initiiert worden. Im Jahre 2004 hat der Rektor der Universität Leipzig, Herr Professor Dr. jur. Franz Häuser, auf Grundlage eines Vorschlags der Gründungsversammlung und eines Beschlusses des Rektoratskollegiums das erste Direktorium für eine Amtszeit von drei Jahren berufen.  Dem ersten Direktorium gehörten an:

Prof. Dr. Dieter Freude (Direktor), Prof. Dr. Stefan Berger (stellv. Direktor), Professor Dr.  Klaus Arnold, Prof. Dr. Yves von Cramon, Prof. Dr. Kurt Eger, Prof. Dr. Thomas Kahn, Prof. Dr. Dieter Michel und Prof. Dr. Gerhard Oechtering. Webmaster war Frau Ing. Dagmar Prager.

Das zweite Direktorium war vom Mai 2007 bis zum April 2010 im Amt. Ihm gehörten an:

Prof. Dr. Jürgen Haase (Direktor), Prof. Dr. Thomas Kahn (stellvertretender Direktor), Prof. Dr. Klaus Arnold, Prof. Dr. Stefan Berger, Prof. Dr. Daniel Huster, Prof. Dr. Jörg Kärger, Prof. Dr. Harald Möller und Prof. Dr. Gerhard Oechtering.