Ziel des ZIW ist die Förderung der interdisziplinären Forschung an der Universität Leipzig zur wirtschaftlichen und sozialen Entwicklung in den Ländern Mittel-, Ost und Südosteuropas im Rahmen des Europäischen Integrationsprozesses und der Globalisierung. Forschungsschwerpunkte sind: Der wirtschaftliche Aufholprozess der Region und seine gesellschaftlichen Rahmenbedingungen, die EU-Strukturpolitik und die soziale Kohäsion, Regionalentwicklung in der erweiterten EU, monetäre und finanzpolitische Fragestellungen der EU-Osterweiterung, die Erweiterung und Vertiefung der Europäischen Union sowie die Beziehungen der MOE-Länder zu ihren östlichen Nachbarn. Das ZIW untersucht außerdem die wirtschaftliche Kooperation von Unternehmen aus Deutschland, insbesondere der Region Leipzig bzw. des Landes Sachsen, mit Unternehmen in Mittel-, Ost- und Südosteuropa.

Die Geschichte des Zentrums geht zurück auf die in den 89 er Jahren von Prof. Dr. Günther Nötzold an der damaligen Karl-Marx-Universität Leipzig begründeten Weltwirtschaftsseminare, die zunächst auf die Kooperation der ostdeutschen mit der westdeutschen und westeuropäischen Wirtschaft ausgerichtet waren. Zu den ersten westlichen Wissenschaftlern und Wirtschaftsexperten, die in den 80er Jahren an diesen Seminaren teilnahmen, gehörten Prof. Dr. Kurt Biedenkopf, der spätere Ministerpräsident Sachsens, und Prof. Dr. Meinhard Miegel. 1987 erfolgte die Gründung des Zentrums für Internationale Wirtschaftsbeziehungen als zentrale Einrichtung der Universität.

Prof. Dr. Kurt Biedenkopf trat im Wintersemester 1990/91 in Leipzig eine Gastprofessur am ZIW an. Im Jahr 1992 wurde Prof. Dr. Meinhard Miegel, Vorstand des Instituts für Wirtschaft und Gesellschaft Bonn e.V., zum neuen Direktor des ZIW berufen. Unter seiner Leitung erfolgte in den Jahren 1993-1997 die inhaltliche Neuausrichtung der Forschung und der jährlichen Weltwirtschaftsseminare auf die marktwirtschaftliche Transformation der Länder Mittel- und Osteuropas und auf ihre wirtschaftliche Annäherung an die EU. Es entstanden die ersten gemeinsamen Forschungsprojekte mit Kollegen aus Prag und Wroclaw. Meinhard Miegel begründete auch die wissenschaftliche Reihe des Zentrums unter dem Titel "Transformation. Leipziger Beiträge zu Wirtschaft und Gesellschaft".

Im Jahr 1998 übernahm Prof. Dr. Rolf Hasse die Leitung des ZIW, der zugleich den Lehrstuhl für Wirtschaftspolitik an der wirtschaftswissenschaftlichen Fakultät innehatte. Rolf Hasse rückte als neuen Schwerpunkt die EU-Osterweiterung in den Mittelpunkt sowie die Veränderung der Europäischen Union im Ergebnis von Erweiterung und Vertiefung der Integration. Er begründete außerdem die bis heute regelmäßig stattfindende Ringvorlesung des ZIW zur Osterweiterung der EU. Unter seiner Leitung wurden zahlreiche neue Kooperationen mit mittel- und osteuropäischen Ländern begründet, darunter mit der Universität Tartu und mit dem Willy-Brandt-Zentrum der Universität Wroclaw und bestehende Kontakte vertieft, wie die zum Institut für Weltwirtschaft in Budapest. Nach Gründung des bundesgeförderten Fraunhofer Zentrums für Mittel- und Osteuropa (MOEZ) am Standort Leipzig, wurde Rolf Hasse dessen Gründungsdirektor.

Von April 2006 bis September 2010 hatte Prof. Dr. Thomas Lenk, der zugleich Direktor des Instituts für Öffentliche Finanzen und Public Management der Universität Leipzig ist, die Leitung des ZIW inne. Er erweitert das Aufgabengebiet des ZIW in Richtung Vergleich und Harmonisierungsoptionen von Steuer- und Finanzausgleichssystemen sowie bi- und multilateraler Kooperationen im Rahmen der EU-Strukturpolitiken. Angesichts der starken inhaltlichen Berührungspunkte zwischen Fraunhofer Zentrum und ZIW besteht eine enge Kooperation zwischen beiden Einrichtungen, in deren Rahmen die gemeinsame Ausrichtung von Veranstaltungen, darunter des Leipziger Weltwirtschaftsseminars, erfolgt. Im Jahr 2009 entwickelte das ZIW ein Masterprogramm European Economic Integration/ Central and Eastern Europe, in welchem im WS 2010 erstmals immatrikuliert wurde.

Im Oktober 2010 wurde Prof. Dr. Gunther Schnabl, seit 2006 Direktor des Instituts für Wirtschaftspolitik der Wirtschaftswissenschaftlichen Fakultät, Direktor des ZIW. Aufgrund der engen Zusammenarbeit zwischen ZIW und Wirtschaftswissenschafter Fakultät insbesondere in der Betreuung des Masterprogramms wurde zum gleichen Zeitpunkt die Angliederung des Zentrums an die  Wirtschaftswissenschaftliche Fakultät unter Beibehaltung des Sonderstatus als interdisziplinäre Forschungseinrichtung der Universität Leipzig beschlossen.