Der Apothekergarten thematisiert in seinem historischen Teil die ca. 450-jährige Geschichte des Botanischen Gartens der Universität Leipzig. Im aktuellen Teil werden hingegen über 250 Arten heute in der Phytotherapie genutzter Heilpflanzen für die Bedürfnisse der Pharmazeutischen Ausbildung kultiviert. Außerdem werden Pflanzenarten für alternative Heilmethoden vorgestellt.
Viele historische Heil- und Giftpflanzen wie „Gicht-Rosen“ (Paeonia officinalis), „Schwarze Nieswurtz“ (Veratrum nigrum) oder „Schwalben-Wurtzel“ (Vincetoxicum hirundinaria) erinnern an die Zeit der Gründung des Hortus medicus in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts. In Anlehnung an historische Vorbilder folgt dieser Garten einer streng formalen Gestaltung eines Wegekreuzes mit Brunnen sowie einer seitlichen Pergola als Andeutung eines klösterlichen Kreuzganges.
Der größere Teil des Apothekergartens aber ist den heute gebräuchlichen Heilpflanzen gewidmet, die in der Phytotherapie sowie in alternativen Heilmethoden Anwendung finden. Entsprechend der Ausbildung der Pharmazeuten erfolgt die Verteilung auf den Beeten den Haupt-Wirkstoffgruppen der Pflanzen. Diese Einteilung beginnt mit den Ätherischen Ölen, es folgen Pflanzenarten, die Senföle und andere Scharfstoffe, Gerbstoffe etc. liefern bis hin zu den Arten, die hochgiftige Alkaloide enthalten.
Der Apothekergarten ist unweit des Botanischen Gartens im Friedenspark schnell zu Fuß erreichbar.