Diese finden in Forschung, Lehre und im Studierendenaustausch statt. Die Universität hat mit insgesamt 16 Universitäten in Japan Vereinbarungen zu einer Partnerschaft abgeschlossen. Die erste wurde 1997 auf Initiative von Prof. Dr. Steffi Richter, Japanologin der Universität Leipzig, mit der Waseda University unterzeichnet. Der Rektor der Waseda University war damals anlässlich der Einführung des Studiengangs Japanologie an der Universität Leipzig zu Gast. Seit 2015 haben 161 Studierende aus 16 Fächern der Universität Leipzig, vor allem aus den Fachbereichen Japanologie des Ostasiatischen Instituts, Theaterwissenschaft, Betriebs- und Volkswirtschaftslehre sowie Informatik, an Partnerhochschulen in Japan studiert. Umgekehrt kamen seit 2015 insgesamt 132 japanische Studierende an die Universität Leipzig. Der partnerschaftliche Austausch wurde zumeist vom Facchbereich Japanologie der Universität Leipzig initiiert ud koordiniert.
Im Rahmen des internationalen Studiengangs „Sustainable Development“ kooperiert die Universität Leipzig beispielsweise eng mit der Hiroshima University in Japan. Der Studiengang beschäftigt sich mit Fragen der Nachhaltigkeit, Umwelt und Entwicklung und mit den Herausforderungen im Übergang zur nachhaltigen Gesellschaft. Grundlage hierfür ist ein in 2020 unterzeichnetes Kooperationsabkommen. Auch auch Fakultätsebene gibt es mehrere Kooperationsvereinbarungen mit japanischen Universitäten, beispielsweise das 2017 unterzeichnete Abkommen der Erziehungswissenschaftlichen Fakultät der Universität Leipzig mit der Soka University.
Die Universität Leipzig hat bereits drei Mal erfolgreich Drittmittel im DAAD-Programm „PAJAKO – Partnerschaften mir Japan und Korea“ eingeworben. Das Programm zielt auf die
Stärkung der Wissenschaftsbeziehungen zwischen Deutschland, Japan und Korea ab. So werden in dem Programm die Mobilität und der Aufenthalt von Hochschulangehörigen der
beteiligten Partnerinstitutionen zum wissenschaftlichen Austausch gefördert. Die Universität Leipzig kooperierte hier unter anderem mit der Keio University (Tokio) und der Ritsumeikan University (Kyoto).