Im Ägyptischen Museum werden die Besucher in die Welt der Altägyptischen Gesellschaftsspiele entführt. Hier bekommt man auch die Privatsammlungen "Jugendstil-Fliesen" und "Porzellan- und Keramikschuhe" zu sehen.
Das Antikenmuseum bietet vielerlei Informationen aus der antiken Privatsphäre und zum damaligen Wohnen.
Das Museum für Musikinstrumente führt mit einer Entdeckungsreise Kinder durch die Ausstellung und eine Sammlung ausgewählter Spieluhren und mechanischer Musikinstrumente ist zu sehen.
Die Kustodie mit ihrer historisch gewachsenen Kunstsammlung aus 600 Jahren zeigt u. a. die "Freundschaftsgalerie" des Verlegers Philip Erasmus Reich mit rund 40 Gemälden des späten 18. Jahrhunderts und den Nachlass des Altphilologen Gottfried Hermann mit Gegenständen aus seinem Privatbesitz.
In der Geologisch-Paläontologischen Sammlung kann man private Fossilien- und Gesteinsfunde bestimmen lassen; Kinder können Achate polieren und Fossilien unter dem Mikroskop betrachten. Außerdem ist dort eine private Sammlung von Dampfmaschinenmodellen zu sehen.
Neben Führungen durch die Sammlung bietet die Mineralogisch-petrographische Sammlung einen Mineralienverkauf an.
Die Sammlung für Ur- und Frühgeschichte präsentiert Exponate aus der eigenen und aus privaten Sammlungen und informiert zu Fragen des geltenden Rechts (z. B. was darf ich an Funden behalten, was nicht).
Die sonst nur für den Lehrbetrieb geöffnete Zoologische Lehr- und Studiensammlung zeigt eine Vielzahl außergewöhnlicher Präparate aus fast 200 Jahren Sammlungstradition. Präparierte und lebende Insekten aus privaten Sammlungen können besichtigt werden.