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Das Königlich-Sächsische-Kultusministerium fasste am 5. Mai 1900 den Beschluss, an der Universität Leipzig ein selbständiges gerichtsmedizinisches Institut zu errichten. Richard Kockel, Extraordinarius für Gerichtliche Medizin, hatte Sachsens Regierende von dieser Notwendigkeit überzeugt. Fünf Jahre später war es dann soweit und das Institut für Gerichtliche Medizin konnte eröffnet werden. In wenigen Tagen jährt sich der Gründungstag des Instituts zum 120. Mal.

Wegbereitend waren zuvor die Forderungen führender Ärzte, wie Gottfried Welsch und Johannes Bohn, Sektionen zur Klärung der Todesart, insbesondere der Feststellung eines nicht natürlichen Todes, durchzuführen. An den Sektionen nahmen neben klinisch tätigen Medizinern auch Juristen teil. Schon damals konnten aufgrund naturwissenschaftlicher Erkenntnisse viele Vergiftungen, wie zum Beispiel durch Arsenik, aufgeklärt werden. So etablierte sich die „Leipziger Schule“ in der Gerichtsmedizin Mitteldeutschlands. Nach dem Wiederaufbau des im Zweiten Weltkrieg stark zerstörten Institutes waren es vor allem Otto Prokop und Wolfgang Dürwald mit ihren Schülern, die die praktische wie auch wissenschaftliche gerichtsmedizinische Tätigkeit weiterentwickelten. Die forensische Pathologie, Alkohologie, Serologie und Toxikologie genossen auch international einen sehr guten Ruf. Gleichzeitig erhöhte sich die Sektionstätigkeit enorm und erreichte mit bis zu circa 2.500 Obduktionen jährlich ihren Höhepunkt.

Nach der Wende leitete maßgeblich Werner Kleemann die Sanierung des Institutes ein, die im Jahre 2015 abgeschlossen werden konnte. Durch die Installation eines Computertomografen hielten die modernen Möglichkeiten der postmortalen Bildgebung Einzug. Die forensische Molekulargenetik wurde unter anderem durch die Anschaffung von PCR-Analyse-Geräten für komplexe Verfahren in der Molekulargenetik in die Lage versetzt, mit den diagnostischen Neuerungen bei der Untersuchung kriminalistischer Spuren und bei Abstammungsuntersuchungen Schritt zu halten. Seit 1987 wird der postgraduale Weiterbildungsstudiengang Toxikologie und Umweltschutz für Naturwissenschaftler deutschlandweit erfolgreich durchgeführt. Heute verfügt das Institut für Rechtsmedizin mit seiner Prosektur in Chemnitz an der Medizinischen Fakultät über modernste und architektonisch ansprechende Labor- und Untersuchungsräume, in denen Wissenschaftler ihren Vorgängern nacheifern und neue Erkenntnisse wie zum Beispiel in der Entomologie oder Neurotraumatologie gewinnen können.