Günther Wartenberg war seit 1982 Dozent an der Theologischen Fakultät Leipzig und seit 1992 Professor für Kirchengeschichte. Als Leiter der Abteilung Spätmittelalter / Reformation bewahrte er das Erbe der Reformationsforschung an dieser Fakultät und konnte durch seine weitreichende nationale und internationale Tätigkeit Leipzig auch nach der Wende im Jahre 1989 als Ort der Reformations- und Lutherforschung weiter etablieren. Mit dem zweiten Schwerpunkt seiner Forschung - der Territorialkirchengeschichte - wirkte er über die Universität weit in die Landeskirchengeschichtsforschung hinein, wobei neben der Reformationsforschung der Geschichte seiner sächsischen Landeskirche seine besondere Liebe galt. Eine Anerkennung seiner Mühen um die Kirchen in der Diaspora, besonders in den Ländern Ostmitteleuropas war die Verleihung der Ehrendoktorwürde der Babeş-Bolyai-Universität in Cluj-Napoca (Klausenburg) in Rumänien im Jahre 2003.
Von 1990 bis 1997 leistete er bei der Umgestaltung als Prorektor für Lehre und Forschung der Universität Leipzig Entscheidendes. Bis zum Schluß schlug sein Herz für seine Alma Mater, für deren Geschichtsaufarbeitung er als Vorsitzender der Kommission zur Erforschung der Geschichte der Universität Leipzig im Vorfeld ihres 600jährigen Jubiläums 2009 Sorge hatte. "Der plötzliche Verlust des hoch engagierten und herausragenden Wissenschaftlers Professor Günther Wartenberg schmerzt mich sehr. Er hat sich nach der Wende beim Umbau der Universität große Verdienste erworben, vor allem als mehrfacher Prorektor sowie als langjähriger Dekan der Theologischen Fakultät. Auch als Kirchenhistoriker und als Theologe sind seine Verdienste hoch", erklärte Professor Dr. Franz Häuser, Rektor der Universität.
Die Theologische Fakultät Leipzig hat einen ihrer unermüdlichsten Arbeiter und Streiter bei der Neuausrichtung der Fakultäten und Strukturen der Universität in den letzten 15 Jahren verloren. Für jedes ihrer Institute fühlte er sich auch persönlich - als Dekan in den Jahren 1990-1992 und 2000-2004 und darüber hinaus - verantwortlich.
Der Trauergottesdienst findet am 17. Juli 2007, 11:00 Uhr, in der Nikolaikirche statt.